Si l’abbaye connaît son âge d’or au XIIe s., elle décline rapidement à partir des guerres de religion. En 1568, toute la charpente de l’abbatiale brûle. S’ouvre alors une période de décadence… On raconte même que l’herbe pousse sur la toiture !
Ce n’est qu’un siècle plus tard, avec l’arrivée des chanoines génovéfains, que l’ordre se rétablit : les bâtiments sont restaurés. L’incendie du XVIe s. avait laissé le sol de l’abbatiale jonché de débris. Ceux-ci sont alors probablement recouverts à ce moment par un nouveau sol refait à neuf. Les frères Cesaro, qui entreprendront l’aménagement du chœur dans les années 80, supposent que le niveau du 1er sol est donné par la porte, aujourd’hui comblée, qui donnait vers le cloître. Il faut descendre un escalier d’une dizaine de marches pour accéder à cette porte.
À la Révolution, l’église est mise au service de la paroisse, ce qui permet son exceptionnelle préservation.

Photo en en-tête : Charpente actuelle, Abbatiale de Beaugency (Copyright EM 2016)